ปี 1999 เป็นปีที่ Lee Eun-Ju เริ่มต้นงานแสดงภาพยนตร์ด้วยบทสมทบในภาพยนตร์เรื่อง Rainbow Trout โดยเธอรับบทเป็น Se Hwa ปี 2000 Lee Eun-Ju ก้าวขึ้นมาเป็นนักแสดงนำครั้งแรกในภาพยนตร์เรื่อง Virgin Stripped Bare by Her Bachelors ภาพยนตร์ขาว-ดำ ผลงานการกำกับของ Hong Sang-Su ในเรื่องนี้เธอรับบทเป็น Soo Jung หญิงสาวที่กำลังเดินทางไปหาแฟนของเธอ Jae Hoon (รับบทโดย Jeong Bo-Seok) โดยภาพยนตร์เรื่องนี้แบ่งเรื่องราวของเขาและเธอออกเป็น 5 ตอน ด้วยการเล่าเรื่องย้อนไปมาในช่วงเวลา 7 วันที่เขาและเธอได้รู้จักกัน ด้วยความลงตัวของภาพยนตร์เรื่องนี้ทำให้ภาพยนตร์ได้รับรางวัลภาพยนตร์ยอดเยี่ยมในหลายๆเทศกาลภาพยนตร์ที่ได้เข้าไปฉาย ปี 2001 Lee Eun-Ju กลับมาอีกครั้งกับภาพยนตร์เรื่อง Bungee Jumping of Their Own โดยเธอรับบทเป็น Tae Hee แฟนสาวของ In Woo (รับบทโดย Lee Byeong-Hun) ที่เสียชีวิตไปเมื่อหลายปีที่ผ่านมา In Woo เกิดความรู้สึกว่า Tae Hee นั้นได้เกิดมาใหม่แล้วกลายเป็นเด็กนักเรียนชายที่ชื่อ Hyun Bin (รับบทโดย Yeo Hyun-Soo) ลูกศิษย์ในโรงเรียนที่เขาสอนอยู่
ปี 2002 Lee Eun-Ju กลับมาอีกครั้งในภาพยนตร์เรื่อง Lover's Concerto โดยเธอได้รับบทเป็น Kyung Hee เพื่อนซี้ของสาวขี้โรคอย่าง Su In (รับบทโดย Son Ye-Jin) ชีวิตของเธอทั้งคู่เริ่มเปลี่ยนไปหลังจากที่ชายหนุ่มที่รักการถ่ายรูปอย่าง Ji Hwan (รับบทโดย Cha Tae-Hyun) เข้ามาทำให้ความเป็นเพื่อนของคนทั้งคู่เริ่มสั่นคลอน หลังจากนั้นภาพยนตร์เรื่องที่สองในปีนี้ของเธอ Unborn but Forgotten ก็เข้าฉายตามมา ในภาพยนตร์เรื่องนี้เธอได้รับบทเป็นผู้อำนวยการทางโทรทัศน์ที่ชื่อ Han Soo-Jin ที่เข้าไปเกี่ยวข้องกับคดีลึกลับ โดยเหยื่อทุกรายที่ตายไปได้เข้าไปยังเว็บไซต์ที่เรียกว่าห้องสีขาว ปี 2003 Lee Eun-Ju กลับมารับงานภาพยนตร์อีกครั้งใน The Garden of Heaven โดยเธอได้รับบทเป็น Young Joo หญิงสาวที่กำลังจะป่วยตายเนื่องจากโรคมะเร็งในลำไส้ เธอได้เข้าไปบำบัดรักษาอาการใน The Garden of Heaven และตกหลุมรักกับนายแพทย์ Oh Sung (รับบทโดย Ahn Jae-Wuk) แต่เวลาของคนทั้งคู่เริ่มเหลือน้อยลงไปทุกที เมื่อ Young Joo กำลังจะเสียชีวิตด้วยโรคร้ายที่ติดตัวเธอมา
ปี 2004 Lee Eun-Ju กลับมารับงานภาพยนตร์อีกครั้งใน Au Revoir , UFO โดยเธอได้รับบทเป็น Kyung Woo หญิงสาวที่ตาบอดมาตั้งแต่เธอยังเป็นเด็กหลังจากที่เธอได้เห็น UFO พอโตขึ้นเป็นผู้ใหญ่เธอก็ได้พบรักกับหนุ่มขี้อาย Sang Hyun (รับบทโดย Lee Beom-Soo) ชายหนุ่มซึ่งมีอาชีพเป็นพนักงานขับรถเมล์ หลังจาก Au Revoir , UFO เข้าฉายได้ไม่นานนัก ภาพยนตร์เรื่องที่สองของเธอในปีนี้ Taegukgi ก็เข้าฉายตามมาติดๆ ในภาพยนตร์เรื่องนี้เธอได้รับบทเป็น Young Shin แฟนสาวของ Jin Tae (รับบทโดย Jang Dong-Gun) ที่เขาต้องกลับเข้าไปร่วมสงครามอีกครั้งเพื่อช่วยน้องชายของเขา Jin Seok (รับบทโดย Won Bin) ให้กลับมาจากสงครามได้อย่างปลอดภัย เดือนเมษายน Lee Eun-Ju กลับมารับงานละครอีกครั้งในละครของทางสถานีโทรทัศน์ MBC เรื่อง Fire Bird ในละครเรื่องนี้ Lee Eun-Ju ได้รับบทเป็น Lee Jin-Eun
ล่าสุด Lee Eun-Ju กำลังมีผลงานภาพยนตร์เรื่อง The Scarlet Letter ร่วมกับ Han Suk-Kyu และ Sung Hyun-Ah โดย Lee Eun-Ju ได้รับบทเป็น Ga Hie หนึ่งในภรรยาสาวของ Ki Hun (รับบทโดย Han Suk-Kyu) The Scarlet Letter มีกำหนดเข้าฉายที่เกาหลีต้นเดือนพฤศจิกายนนี้
คลิป lee eun ju ในฉากเลิฟซีน
